Hotherskolens retningslinjer for adfærd, som blev godkendt Skolebestyrelsen i december 2024, sikrer en respektfuld og tryg skolehverdag. Eleverne forventes at vise respekt og følge de voksnes anvisninger. Der er fælles regler for alle klassetrin, såsom at støjende adfærd kun er tilladt udenfor, og affald skal placeres i affaldsbeholdere. It-udstyr og legetøj medbringes på eget ansvar, og mobiltelefoner afleveres ved skoledagens start og udleveres igen ved dagens slutning.

For hvert trin er der specifikke områderegler. I indskolingen foregår alle frikvarterer udendørs, og eleverne må kun være i aulagården og udvalgte områder. Mellemtrinnet og udskolingen må være i Faxegården, Kantinegården og på multibanen, hvor sneboldkast også er tilladt på bestemte områder. Overtrædelser af reglerne følger skolens cirkulærer for god orden og ro i skoledagen​.